Autora: Cassandra Clare
Logo após os acontecimentos de Cidade dos Ossos, Clary Fray deseja que a sua vida volte ao normal.Mas, depois de entender que ela é uma Caçadora de Sombras e que faz parte de um novo mundo o qual ela nunca imaginou que existisse, tudo se transforma. Seu pai não está morto, mas ele é o perverso Valentim, quem deseja matar todos os seres do Submundo para limpar a Terra. Sua mãe, que havia escondido esse mundo dela, está em coma e o garoto pelo qual está apaixonada, Jace, foi revelado como seu irmão, chocando-os.
A história começa com Valentim exercendo o controle de um Demônio Maior através do uso do Cálice Mortal, prenunciando as batalhas que ainda estão por vir. Em seguida, Clary está assistindo um filme de vampiros com o seu melhor amigo Simon, que fica um pouco entorpecido. Quando ela tenta confortá-lo, ele acaba beijando-a, e ela fica sem saber o que fazer porque apenas o ama como um amigo.
Nesse meio tempo, os pais de Isabelle e Alec retornam de Alicante, a cidade dos Caçadores de Sombras, e a mãe deles, Maryse, conversa com Jace, quem ela sente que não pode mais confiar. Ela acredita que ele esteja mancomunado com seu pai, Valentim, agora que foi revelado que Jace é seu filho. Jace abandona o Instituto e vai para um bar de lobisomens, e encontra uma jovem licantrope chamada Maia, juntamente com outros membros descontentes do bando de Luke. Ele provoca uma briga, recusando-se a investigar a morte de um menino licantrope morto em um beco próximo, apesar de ser um Caçador de Sombras e obrigado pela lei da Clave. Luke impede a violência e manda Jace de volta para o Instituto. Quando eles chegam, Maryse diz que estava tentando mandá-lo embora para protegê-lo da Inquisidora da Clave, que vem para se certificar que Jace não é um espião. Ele não é educado com a Inquisidora, que acaba por castigá-lo, prendendo-o na Cidade do Silêncio durante a noite.
Durante sua prisão, Jace começa a ouvir gritos e descobre que Valentim enviou um Demónio do Medo e matou os Irmãos do Silêncio para obter a Espada da Alma, o segundo dos três Instrumentos Mortais. Um aviso é enviado para o Instituto, mas os Caçadores de Sombras adultos foram distraídos pela morte de uma criança fada e não estão lá para ouvi-lo, então Isabelle, Alec e Clary vão para a Cidade do Silêncio, sabendo que Jace está lá. Lá dentro, eles encontram todos completamente mortos, menos Jace, e Clary, com pressa de retirá-lo da prisão, faz uma espécia de símbolo de abertura para destrancar a cela. Quando eles retornam à superfície, encontram os Caçadores de Sombras adultos esperando por eles. A Inquisidora aponta que a Espada da Alma é o que deveria ser usado contra Jace no dia seguinte para provar se ele estava dizendo a verdade sobre não ser um espião de Valentim, e que seu pai o protegeu para roubá-la.
Magnus Bane, o Alto Feiticeiro de Brooklyn, se oferece para manter Jace guardado a sete chaves para a Clave, e a Inquisidora, com relutância, concorda. Os quatro adolescentes descobrem que Valentim tem esperanças de transformar a Espada da Alma em uma arma demoníaca (ao invés de uma arma angelical), processo que é feito pelo aquecimento e refrigeração do sangue de quatro diferentes criaturas do Submundo: lobisomem, vampiro, feiticeiro e fada. Na esperança de que as fadas se juntassem a eles na luta contra Valentim, Clary, Jace, Isabelle e Simon entram no Reino das Fadas para falar com a Rainha Seelie. Durante a conversa, Clary sente uma leve dor no dedo e vê uma marca vermelha. Esquecendo que tinha espalhado o sumo de comida de fada no dedo ela o lambe para tirar o sangue. Sendo assim, ela é forçada a ficar para sempre dentro do reino, a menos que ela receba o beijo que realmente deseja. Simon se oferece para beijá-la, mas fica arrasado quando a Rainha afirma que o seu beijo não é o mais desejado. Jace acaba a beijando, porque ambos ainda têm sentimentos um pelo outro, apesar de terem descoberto que são irmãos e ela acaba ficando livre para ir embora. Depois que eles escapam do Reino das Fadas, Simon vai embora completamente irado, deixando Clary e Jace lutando a cerca dos seus verdadeiros sentimentos.
Em seguida, o vampiro Raphael aparece carregando um Simon quase morto em seus braços e explica que ele havia absorvido traços de vampiro depois de mordê-lo enquanto ainda era um rato em Cidade dos Ossos. Raphael também afirma que Simon iria morrer e renascer como um verdadeiro vampiro. Clary se desespera e insiste que necessita ficar para ver a transformação e dar todo o apoio necessário a Simon.
Mais tarde, Luke encontra Maia na frente da porta de sua casa depois de ser atacada por demônios. Ela está ferida também, e Clary, Simon e Jace lutam contra os demônios, mas não antes de Jace secretamente sondar um deles para obter informações sobre o paradeiro de Valentim. Jace, em seguida, pega a moto movida por energia demoníaca e voa para encontrar Valentim, que está escondido em um navio no rio.Chegando lá ele ve uma cena da clare sendo morta que foi criada pelo demonio do medo. Valentim pergunta o que ele viu e ele diz apenas "Clary...". Ele tem a oportunidade de matá-lo, mas não pode. Valentim pede a Jace para acompanhá-lo e promete que nenhum de seus entes queridos serão prejudicados.
Na manhã seguinte, a Inquisidora aparece e aprisiona Jace novamente, logo após ter descoberto que ele visitou Valentim na noite anterior. Ela diz que está planejando trocá-lo pelos Instrumentos Mortais, mas Jace diz que Valentim não se importa o suficiente com ele para fazer a troca. Ela não acredita nele e vai embora. Alec ajuda Jace a escapar. Ele percebe que a cela não tem telhado e sugere que Jace salte, um feito impossível para um ser humano normal, mas Jace consegue e vai ajudar Clary, que descobriu que Maia e Simon foram sequestrados por Valentim para a obtenção do seu sangue.
Nesse meio tempo, Clary descobriu que, com sua habilidade de desenho, ela pode criar novos símbolos. Ela cria um Símbolo do Destemido, que permite a Jace derrotar o Demônio do Medo convocado por Valentim. Há uma grande batalha no navio, durante a qual a Inquisidora leva Jace a um canto e faz-lhe uma série de perguntas adicionais, mas faz uma pausa ao observar uma cicatriz em forma de estrela no ombro de Jace. Um demônio aparece e ataca-os, mas ela se sacrifica por ele. Jace descobre que Simon está entre a vida e a morte e permite que ele se alimente de seu sangue, salvando sua vida. A batalha continua indo de mal a pior para os Caçadores de Sombras, até Clary desenhar um novo símbolo e destruir completamente o navio, levando os demônios à bordo e pondo fim à batalha.
Graças ao sangue de Jace, Simon é agora um vampiro que pode resistir ao sol. Clary descobre que não se importa com o fato de ela e Jace serem irmãos e quer dizer-lhe que o ama, mas ele acaba por falar primeiro e promete que não a amaria além de uma irmã, pensando que isso é o que ela queria. A mãe de Clary ainda está em coma, mas uma mulher de cabelos grisalhos chamada Madeleine a para no caminho para o hospital e diz que sabe como acordar Jocelyn.
